Система самоочищення відноситься до системи, яка має певний ступінь самоочищення та здатності поглинати забруднювачі навколишнього середовища. Це агроекологічний комплекс, в якому забруднювачі довкілля самоочищаються, виходячи з того, що вони не перевищують екологічну здатність через фізичний, хімічний та біологічний вплив сільськогосподарського ґрунту, рослин та мікроорганізмів.