Ті, хто виступає проти генетично модифікованої їжі, включають широкий спектр груп інтересів, від Greenpeace до асоціацій фермерів до християнських церков тощо. Їх опозиція зосереджена в трьох областях:
По-перше, генетична модифікація проти природи і, отже, шкідлива. Прихильники повторили, що сьогоднішні культури більше не є примітивними сортами, інакше овочі, які їдять люди, повинні бути тими ж, що і трава, яку їдять тварини.
По-друге, після того, як в рослини вводять гени з гербіцидностійкістю або токсичними функціями вбивства шкідників, чи є їжа, яку вони забезпечують безпечною для людини? У відповідь на це прихильники підкреслили, що до цих пір жодна кваліфікована науково-дослідна установа не знайшла доказів того, що генетично модифіковані продукти шкодять здоров'ю людини, але їх довгостроковий вплив може бути тільки виведений, і важко отримати вичерпні докази, щоб переконати людей.
По-третє, чи можливо, що просування генетично модифікованих рослин занадто схвально впливає на сільське господарство і екологічне середовище? Сприяння генетично модифікованим культурам, стійким до гербіцидів, може спонукати фермерів до надмірного використання гербіцидів, тим самим завдаючи шкоди або навіть вимирання деяких не основному врожаю. Багато фермерів в країнах, що розвиваються, використовують такі несумійні культури, як додаткова їжа або корм. Управління рибного господарства і дикої природи США виявило, що 74 види рослин знаходяться під загрозою зникнення через вплив гербіцидів.