Флуоресцентні мікроскопи і звичайний мікроскоп мають наступні відмінності
1. Метод освітлення зазвичай є епі-підсвічуванням, тобто джерело світла проектується на зразок через об'єктивну лінзу;
2. Джерело світла - ультрафіолетове світло, довжина хвилі коротша, а роздільна здатність вище, ніж у звичайних мікроскопів;
3. Є два спеціальних фільтри. Той, що знаходиться перед джерелом світла, використовується для фільтрації видимого світла, а той, що між окуляром та об'єктивним об'єктивом, використовується для фільтрації ультрафіолетових променів для захисту людських очей.