Протеоміка фокусується на динамічному описі генної регуляції, кількісному визначенні рівнів білкової експресії генів, виявленні впливу хвороб та ліків на життєві процеси та поясненні механізму регуляції генної експресії. Як наука, дослідження протеоміки не з нуля Спочатку це продовження білкового (пептидного) профілю та технології картографування генних продуктів, яка використовується більше 20 років. Картографування пептидів залежить від двовимірного гель-електрофорезу (2-DE) та подальшого аналізу зображення; і ген Профіль продукту залежить від різноманітного аналізу після поділу, такого як мас-спектрометрія, аналіз амінокислотного складу тощо.
Завдяки існуванню варіативного редагування та редагування РНК багато генів можуть експресувати різноманітні різні білки. Тому складність протеома набагато вища, ніж складність геному.
Якщо розшифрована вся послідовність геному виду, це не означає, що протеом цього виду також розшифрований. Конкретний аналіз білкового продукту гена повинен визначатися шляхом всебічного модифікування та регулювання рівня геному, рівня транскрипції та рівня трансляції.