Ті, хто виступає проти генетично модифікованої їжі, залучають широкий спектр груп інтересів, від Грінпісу до фермерів' асоціації з християнськими церквами тощо. Їх опозиція зосереджена у трьох сферах:
По-перше, генетична модифікація суперечить природі і тому шкідлива. Прихильники заперечують, що сьогодні врожаї' більше не є примітивними сортами, інакше овочі, які їдять люди, повинні бути такими ж, як трава, яку їдять тварини.
По-друге, після введення в рослини генів із стійкістю до гербіцидів або токсичними функціями знищення шкідників, чи безпечна їжа для людей? У відповідь на цей момент прихильники підкреслили, що до цього часу жодна кваліфікована науково-дослідна установа не знайшла доказів того, що генетично модифіковані продукти шкодять здоров’ю людини, але про їх довгостроковий вплив можна лише зробити висновок, і важко отримати всебічні докази, щоб переконати людей .
По-третє, чи можливо, що просування генетично модифікованих рослин занадто поспішно впливає на сільське господарство та екологічне середовище? Сприяння генетично модифікованим культурам, стійким до гербіцидів, може спонукати фермерів зловживати гербіцидами, спричиняючи шкоду або навіть вимирання деяких не основних культур. Багато фермерів у країнах, що розвиваються, використовують такі не основні культури, як прикорм або корм. Управління риболовлі та дикої природи США виявило, що 74 види рослин зазнають впливу гербіцидів і знаходяться під загрозою зникнення.